심볼마크는 한국학중앙연구원의 이미지를 대표하는 것으로 AKS(The Academy of Korean Studies)에서 가장 핵심적인 요소이다. 태극과 학, 그리고 학문연구에 대한 지적 탐구를 상징하고있는 'S'를 메인 모티브로 사용하였으며 세계화 흐름에 맞추어 'The Academy of Korean Studies'의 이니셜'AKS'를 심볼과 결합하여 한국학중앙연구원의 상징적 의미를 높혔다. 이는 한국학의 화합과 한국학의 미래를 선도하는 한국학중앙연구원의 이미지를 표현하고 있으며 더블어 학문의 견실함과 신뢰를 상징한다. 심볼의 칼라는 한국 전통 색채 중 단청색의 하나이며, 진채(옛 단청의 색)의 하나인 하엽색(荷葉色)을 모티브로 하였다. 이름(荷 연 하, 葉 입사귀 엽)에서 알 수 있듯이 연잎을 상징하는 색으로 청정과 냉정 및 풍요의 연꽃을 상징한다.

로고타입은 심볼마크와 함께 잘 조화되면서 기타 다른 기관들과 차별화되도록 고유문자체로 개발되었다.
한국학중앙연구원 한글 표기는 용비어천가(광해군 4년 중간본)에서, 韓國學中央硏究院 한자 표기는 광개토대왕비에서 집자하여 구성되었다.